Morze
Nurkowanie w Parku Narodowym Komodo jest szczególne. Cieśnina między wyspami Rinca i Komodo tworzy przejście pomiędzy dwoma oceanami, Oceanem Indyjskim na południu i Pacyfikiem (morze Flores) na północy. Dzięki stałemu mieszaniu się ciepłych tropikalnych wód z północy z chłodniejszymi z południa Komodo to unikalny ekosystem z niezwykle bogatą florą i fauną.

Przynajmniej 253 gatunków twardych rafotwórczych korali tworzy rafę w parku. Liczba gatunków ryb szacowana jest na ponad 1000. Wśród nich liczne są rekiny rafowe, widywane są take rekiny wielorybie migrujące przez teren parku.
Manty są często spotykane na całym obszarze parku. W niektórych miejscach spotkanie z nimi jest niemal pewne. W okresie od września do grudnia tworzą grupy, czasem ogromne, sięgające 50 sztuk.

Żyją tu tez morskie ssaki: dugongi, spokrewnione blizej ze słoniami lądowymi niz z innymi ssakami morskimi, delfiny i wieloryby - łącznie 18 gatunków. Gady reprezentowane są przez zółwie -2 gatunki i węze morskie. Nurkowiska na południu regionu słynne są ze swojego świata bezkręgowców.

Temperatura wody bardzo rózni się w zalezności od miejsca: na północy rejonu waha się od 25 do 29 oC a na południu od 22 do 28oC.

Zazwyczaj jest bardzo dobra widoczność, moze osiągać 30 m. Czasem występuje słaba widoczność spowodowana ogromną ilością planktonu. Za to rekompensowane jest to niezwykłym bogactwem i róznorodnością zycia morskiego jako ze plankton stanowi pozywienie przyciągające liczne grupy zwierząt będące z kolei pozywieniem dla innych zwierząt.

Obszar parku charakteryzuje się silnymi prądami związanymi z wąską cieśniną pomiędzy wyspami Rinca i Komodo. Mogą osiągać do 8 węzłów.

Tuńczyki, makrele, barakudy, groupery, napoleony i inne ryby wraz z 70 gatunkami gąbek i koralami miękkimi tworzą barwny podwodny ogród.