La mer
Les eaux du Parc National de Komodo sont particulières. Le détroit entre les îles de Rince et de Komodo crée un passage entre l’Océan Indien au nord et l’Océan Pacifique (la mer de Flores) au sud. Grâce au brassage constant des eaux chaudes tropicales du nord et des eaux plus froides du sud, Komodo est un écosystème unique avec une faune et une flore particulièrement riches.

Le parc contient notamment un récif formé d’au moins 253 espèces de coraux différents. On estime qu’il y a plus de 1000 d’espèces de poissons dans les eaux du parc. Les requins coraux sont nombreux et on peut aussi observer des requins baleines qui traversent le parc au cours de leur migration.

Les raies-manta sont fréquentes sur tout le domaine, sur certains endroits, on est sûr de les rencontrer. De septembre jusqu’à décembre, ils forment des grands groupes, jusqu’à 50 pièces.

Les mammifères marins sont aussi présents dans les eaux du parc: dugongs (ressemblent plus aux éléphants que aux autres mammifères marins), dauphins et baleines, 18 espèces au total. Quant aux reptiles, on peut rencontrer dans le parc deux espèces de tortues aquatiques et des serpents de mer. Les endroits dans le sud sont très connus pour leur monde des invertébrés

La température d’eau varie suivant certains endroits: au nord de la région de 25 jusqu’à 29 ºC et au sud de 22 jusqu’à 28 ºC.

Normalement, la visibilité est très bonne, elle peut arriver à 30m. Quelquefois la visibilité est réduite à cause de la quantité énorme de plancton. C’est compensé avec la richesse extraordinaire et la diversité de la vie marine parce que le plancton est la nourriture qui attire de nombreux groupes d’animaux qui font partis eux aussi de la chaîne alimentaire pour des animaux plus gros.

Le territoire du parc est caractérisé par des courants très forts, pouvant arriver jusqu'à 8 nœuds, causé parle détroit entre les îles de Rince et de Komodo.

Des thons, maquereaux, barracudas, poissons napoléon ainsi que beaucoup d’autres spécimens.70 espèces d’éponges et de coraux nous offrent un jardin sous-marin chatoyant.